《迷你忍者》在游戏中玩家扮演一名训练有素的忍者Hiro,而你就是拯救世界的最后希望……故事起因于,一个邪恶的武士大名,在远古魔法力量的帮助下,居然将森林中的动物变成了地狱军团,因此Hiro拯救世界的时刻到了。主角需要带领一群迷你忍者,历经千难万险,斩杀掉无数的地狱军团武士之后,在厄运堡垒前与邪恶的大名进行最后的决战。